年6月16日的陈炯明叛乱，几乎让孙中山陷入了绝境，被迫在海上指挥反击近50天。
但反击并没有什么成效，最后甚至连吃饭都成了问题，多亏蒋介石的侍卫王世和冒死坐水艇上岸买来粮菜，才算基本摆脱困难。
直到8月9日，漂泊在海上的孙中山和蒋介石等人，才有英国总领事馆安排，派来英国军舰，这才离开了广州，脱离了危险。
之后孙中山一直在思考平叛之策，并于当年10月将退到福建的北伐军改名为讨贼军，并任命许崇智为东路总司令，蒋介石为参谋长，准备讨伐陈炯明。
当年12月，孙中山又联络了滇军杨希闵和桂军刘震寰组成西路讨贼军，并于年1月4日正式通电讨伐陈炯明。
1月16日，陈炯明退出广州，退守惠州东江。
1月17日，由于陈炯明叛乱，而由广州退居上海的孙中山在莫利爱路住宅内会见了苏俄特使越飞，并与1月26日签订《孙文越飞宣言》，开始得到苏俄政府的支持。
年3月1日，孙中山在广州宣布成立大元帅府，并被推举为海陆军大元帅。
年8月5日，为学习苏俄的军事、政治和党务，孙中山。派蒋介石、沈定一、王登云和张太雷4人组成苏俄考察团赴苏联考察，其中蒋介石为团长。
蒋介石还在苏联考察期间，身在广州的孙中山在苏联和中国。共产党的帮助下，决定筹建黄埔军校，真正组建自己的部队。
在组建黄埔军校之初，孙中山本来是让许崇智兼军校校长的，并由他负责筹备黄埔军校。
但是许崇智，对此并不感兴趣就将此事交给了司令部上校参谋陈翰誉去办。
可谁知陈翰誉仗着自己的叔叔陈数人是国民党元老，在筹备军校过程中胡作非为，引起各方不满。
因此，11月26日，在孙中山主持召开的国民党临时中执会第10次会议上，正式决定迅速筹建黄埔军校，并指定由尚在苏联考察的蒋介石任校长。
年1月16日，回国后回到溪口老家的蒋介石来到广州，开始筹建黄埔军校。
3月21日，孙中山任命蒋介石为黄埔军校入学试验委员会委员长，并决定广州附近的黄埔岛为校址，很快黄埔军校开始正式招生。
年10月，黄埔军校一期生毕业前夕，广州商团团长陈廉伯勾结香港的英帝国主义分子，私下送来军火，阴谋推翻孙中山的革命政权，成立所谓的“商人政府”。
孙中山紧急命令蒋介石把黄埔军校学生分成两个教导团，把入伍生总队全部动员起来。
10月14日夜，教导团包围沙基和西关两个商团部，将其全部缴械，并将陈廉伯拿获，交法庭审判。
而由于孙中山在此次事变中的行为，在广东各界中产生不满，转而开始同情正在广州近郊与支持孙中山的部队保持僵局的陈炯明的粤军。
此时的陈炯明。也已经策划好了反攻计划，但令他没想到的是，此时孙中山的部队已经获得了苏联的支持，得到了大量比粤军更有优势的武器，反攻计划只好作罢。
10月25日，西北军将领冯玉祥在北京发动政变，囚禁曹琨，邀请孙中山北上共商国是，召开国民会议。
11月10日，孙中山发表北上宣言，临行前，他召集许崇智、杨希闵、刘震寰等人开会，决定举行东征，讨伐叛将陈炯明。
年1月，北京来电，说孙中山先生病重，指示广东军事由蒋介石负责，党务由廖仲恺负责。
孙中山与宋庆龄
蒋介石在黄埔军校召开会议，传达孙中山的指示后说：“为了祝愿孙总理早日恢复健康，我们要以实际行动把东江的陈炯明叛军消灭，肃清反革命残余势力，统一广东。”
随后，东征军兵分三路，杨希闵和刘震襄分别担任左、中路，许崇智粤军为右路，蒋介石率黄埔军校学生组建的两个教导团编入右路军，并为右路军参谋长。
除两个教导团外，蒋介石组建了一个宪兵排，由宓熙任宪兵排长，隶属自己麾下。
他组建宪兵排做什么呢？
一是负责维持军纪，二是担任警卫工作。
蒋介石为什么选定宓熙为排长呢？因为宓熙是孙中山的卫士。
宓熙是浙江宁海人，也是“老革命”。年，蒋介石到粤军第2军当参谋长时，宓熙就在军部当收发员，开始认识蒋介石。
当年七八月间，孙中山讨伐陆荣廷桂军时，宓熙没有随第2军出发，被调到了总统府当卫士，从此跟随孙中山做警卫。
年10月平定商团叛乱时，宓熙编入黄埔军校教导团的连队，并参加了包围沙基的战斗。
孙中山去北京后，他没有一同北上，而是被安排留在黄埔军校。
这个宪兵排是由军校警卫队编成的，黄埔军校成立时，蒋介石就组建了校本部警卫队，担任全校警卫工作，兼行使宪兵职权，队长为胡公冕，编制宪兵90余名。
胡公冕是浙江省永嘉县五尺村人，出身很苦，参加过革命军，当过排长、连长，也当过师范教员，年10月在上海加入中国共产党，同年，被党组织派去莫斯科东方大学学习。
年回国参加筹建黄埔军校工作，到浙江招考黄埔第一期学生。
警卫队成立时，黄埔军械缺乏，而军校宪兵是唯一持有粤造毛瑟枪的单位。
这个宪兵排成立后实际上成为蒋介石的私人卫队，王世和的侍卫小组负责内卫，宪兵排负责外围警卫。
2月1日，东征军开始出征，次日，黄埔教导团从黄埔岛向东莞出发，侍卫小组和宪兵排随从蒋介石一起征战，担任他和指挥部的卫队。
5日，教导团进驻东莞县城，2月14日，进至淡水城外，一路上，跟随在蒋介石身边的卫士，达到40人之多。
淡水是惠阳县的一个要镇，北距惠州约70华里，地势险要，四周有一道坚固的城墙，易守难攻。
驻守淡水的敌军为第5军熊略部，共人，叛军将领洪兆麟得知革命军东进淡水后，立即下令驻惠州、海丰等地敌军赶去增援。
当日，东征军的将领们和苏联顾问开会商讨作战问题，蒋介石说：“对淡水围而不攻，困住他们，逼等他们投降。”
第二师师长张民哒则说：“大批敌军正从西路赶来增援，日内可到，应赶在敌援军到来之前攻下淡水，否则腹背受敌，将会招致更大损失。”
其他与会者都赞同这个主张，苏联顾问则力主立即组织攻城，并且提出说：“由军校教导团负责攻城，张民达师负责阻击增援之敌，许济旅为预备队。”
最后，会议通过苏联顾问的方案，并决定在教导团中挑选一批将士组成奋勇队，也就是敢死队，担任爬城任务。
奋勇队由军官10人，其中国民党员2人，共产党员8人和士兵组成，由第1营营长沈应时任奋勇队队长，杜聿明、陈明仁等名黄埔一期生为队员。
奋勇队再分成若干攻击组，政治部主任周恩来亲自作动员，勉励他们：不畏艰险，不怕牺牲，勇于以一腔热血，去浇灌革命的主义之花。
周恩来
次日拂晓，革命军开始攻城。
军校教导团炮兵在南门外高地首先向城上发炮，轰击敌军守备工事。
接着，奋勇队携带着七架攻城竹梯，悄悄地到达攻击出发位置，炮声一响，便开始向城墙跃进。
快要逼近城墙时，不少骨干带头冲锋，但因守敌在城墙上顽强抵抗，奋勇队采取苏联顾问提出的“人梯法”爬城，终于歼灭城墙上的守敌。
东征军各部从四面八方冲入淡水城，终于将敌军多人全部俘虏。
黄埔军首战告捷。
3月13日清晨，在何应钦率领下，教导第1团在棉湖与陈炯明另一主力——“救粤军”总指挥兼第1军军长林虎接上了火。
蒋介石在第一团进行指挥，可是，第一团这时只有余人，而林军达七八千人之多，力量对比悬殊。
蒋介石说：“叫左翼的钱大钧第2团赶快增援！”何应钦说：“通讯失灵，联系不上！”“右路许济旅呢？”蒋介石问。“也失去联络，情况不明。”何应钦答道。
这样，只有教导第一团孤军死战了，蒋介石严令何应钦：“一定要坚决抵抗，不准后退。”
苏联顾问加伦将军也亲自上战场，协助指挥作战。
面对人数众多、气势汹汹的敌人，何应钦命令第1营任前锋，二营为后卫，三营为侧翼，学生连担当警卫，在王屠仔一带监视敌人动向。
由于敌军来势凶猛，战斗一开始，教导团便处于劣势。
突然炮兵连的炮火停息下来了，敌军炮火变得强大起来了，为了计诱敌军炮兵，蒋介石命令随行的副官刘祖汉：“搜集五颜六色的被单及大布巾，制成大型旗帜，插满整个山头。”
侍卫王世和等人很奇怪：弄这些干什么？
刘祖汉也是奉化老乡，与蒋介石有过结拜之交，于是，几人也跑过去，协助刘祖汉。
没想到，他们把旗帜插上山头后，还真的起作用了！
林军误以为插旗的山头有重兵布防，炮火朝插旗方向猛烈炸射。
蒋介石目的在虚耗敌军火炮，并迟滞敌军行动，静候后方增援部队。
可是，敌军炮击了一阵，发现了其中的诡秘，突然一发炮弹呼啸着朝蒋介石等人站着的地方飞过来了。
情急之下，副官刘祖汉为了保护蒋介石一把扑过去，“轰”的一声，炮弹就在他们身边爆炸，结果，刘祖汉被炮弹碎片削去一臂。
敌军成群喊着，冲过来了，教导第1团前锋第1营第2连不少人被缴了枪，第1、第3连官兵也开始往后退。
敌军黑压压的一片，前锋距团部指挥所只剩下两三百米了。
蒋介石和苏联顾问加伦将军非常着急，蒋介石见势不妙，使劲对何应钦下死命令：“必须坚决顶住，决不能后退！”
“敌军成堆，抵抗不住啦！”何应钦喊着。
蒋介石似乎醒悟过来了，转身对刚进入团部的炮兵连长陈诚道：“把炮架起来，你要亲自发射。”
很快，6门旧式七五大炮全都架起来了，陈诚亲自发射，眯着眼睛瞄准，然后拉火，打了第一炮。
刚才由于急射，大炮打了十几发炮弹，撞针发软，炮就哑了。
这次出乎意料，大概因为歇了一段时间，撞针经过冷却又恢复了原有硬度，大炮不仅打响了，而且命中一堆正向团指挥所进攻的散兵，对方顿时大乱。
“好！”蒋介石攥着拳头，继续亮开嗓子喊起来：“快打！”
陈诚接着打出第二炮，向着村东头发射，随着一声炮响，又炸中了，泥土伴随着尸体飞向半空中，敌兵纷纷退人了曾塘村。
“好啊！打第三炮！”蒋介石又叫起来了。
陈诚又发射第三炮，以曾塘村一棵树下的敌兵为目标，“轰隆”声，观测兵一点数，大声报告：“毙敌20余人！”
“好啊！好啊！”官兵都叫起来了。
炮连官兵立即推出其他几门大炮，对着敌兵一齐打响，炮声轰隆隆地响，声威大震。
陈诚
何应钦当即命令第2营营长刘峙：“你，亲自率领总预备队冲锋。”
刘峙立即喊道：“第6连，端起刺刀！”带头喊着“杀啊”，冲出阵地，向敌阵发起了冲锋。
激战到中午时分，教导第1团左翼转危为安。
战斗延续至黄昏时分，左翼钱大钧率领的教导第2团终于赶到，投入战斗。
林军后方突然遭到猛击，惊慌失措，只好向五华、兴宁方向溃退。
战后，刘祖汉因为护主，左臂中弹致残，被蒋介石送去日本进修。蒋介石率领的右路军取得了重大胜利，但中路、左路的杨希闵和刘震衰却心怀异志，不仅进军缓慢。
而且乘孙中山在北京逝世的机会，加紧与北洋军阀政府和香港英帝国主义分子勾结，6月初公开发动武装叛乱，派兵占领省长公署、粤军总司令部、公安局等要害部门，占据广州。
为平定杨、刘叛乱，广东革命政府下令许崇智和蒋介石率部回师平叛。
在中共广东区委和广大工人农民的支持配合下，右路东征军和铁甲车队并肩作战，于6月中旬粉碎杨、刘叛乱，广东政府得以转危为安。
国民政府成立
7月1日，广东革命政权——海陆军大元帅府改组，正式成立中华民国国民政府，宣布继续贯彻孙中山联俄联共扶助农工三大政策，着力实行军事、行政和财政等方面的统一。